Bodem biedt een uitstekende niche voor de rhizosperische micro-organismen en lijkt de hotspot te zijn voor de microbiële interacties. Onder de micro-organismen in de bodem kunnen arbsuculaire mycorrhiza- en andere fosfaatoplossende micro-organismen de plantengroei bevorderen en ook zeer effectief zijn tegen door de bodem overgedragen ziekten. De mycorrhiza-schimmels hebben het vermogen om de plantkracht en bodemkwaliteit te verbeteren en spelen ook een cruciale rol bij de opname van voedingsstoffen, de waterverhoudingen, de vestiging van ecosystemen en de productiviteit van planten. Evenzo kunnen fosfaatoplossende micro-organismen de zaadontkieming, wortelontwikkeling en wateropname door planten grondig verbeteren. Daarnaast kunnen ze ook de opname van voedingsstoffen verbeteren of indirect door de microbiële balans te veranderen ten gunste van nuttige micro-organismen in de rhizosfeer en kunnen ze het brede spectrum van plantgebonden plantpathogenen onderdrukken. Gezien het belang van deze symbionten bij de bescherming van plantenziekten, kwam het voor onderzoek naar voren dat de gecombineerde toepassing van deze micro-organismen voordeliger is dan het gebruik van een enkel middel en een beter beheer biedt tegen de bodemgebonden plantpathogenen.
